Yürürlükten kaldırılan 16 Nisan 2005 tarihli ÇKS Yönetmeliği hükümleri çerçevesinde çiftçiler içinde bulunulan üretim sezonunda kayıtlarını yaptırmak veya güncellemek üzere yıl boyunca müdürlüklere müracaat edebiliyor. Müracaatlar ise üretim sezonunun 31 Aralık tarihinde sona eriyor.

27 Mayıs 2014 tarihinde yayımlanan yönetmeliğe göre, 2014 üretim yılına ilişkin ÇKS başvurularının 30 Haziran 2014 tarihinde sona erdiği belirtiliyor. Gerekli görüldüğünde bakanlık tarafından uzatılabilen bu tarihten sonra çiftçilerin sahip olduğu veya kiraladıkları tarım arazileri hariç ÇKS'ye yeni bir çiftçi ve arazi kaydı yapılamıyor. Son olarak “Mücbir sebeplerden kaynaklanan üretim bilgisi değişiklikleri üretim yılı içinde yapılabilir.” hükmü ile 2014 üretim yılı ÇKS çiftçi müracaat sürelerine ilişkin düzenleme yapıldı.
Daha önceki uygulama dönemlerinde çiftçi müracaatlarının yıl sonuna kadar sürmesi nedeniyle bazı çiftçilerin 2014 üretim yılı ÇKS müracaatlarını bu sürede yapmadıkları belirlendi. Bu çerçevede, olası çiftçi mağduriyetlerinin önlenmesi bakımından çiftçilerin 2014 üretim yılı ÇKS başvuru süreleri, 29 Ağustos 2014 tarihi mesai bitimine kadar uzatıldı.